α螺旋扩展应用于空间填充分子模型
Alpha helix expansion for space-filling molecular models
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注：我的照片没有使用CPK配色方案。（我更喜欢BORN配色方案。）
这是一个附加组件，允许结合以下内容创建蛋白质的α螺旋：
https://www.thingiverse.com/thing:1720048
https://www.thingiverse.com/thing:1730299
在打印了Harfigger非常棒的空间填充分子模型后，我想构建一个能够保持在一起的蛋白质α螺旋。因此，我用计算机测量了一个样本螺旋的平均N-H-O和H-O-C角度，并设计了这个氢原子和氧原子的混音版。氢原子太小无法在内部容纳第二个键，所以我给它加了一个小突起，设计用来适配氧原子上的额外孔洞。
你可以使用HydrogenAHB或HydrogenAHBsolid的STL文件。我的打印机在TPU材料上打印小空心形状不太成功，所以我用实心形状打印氢原子。请注意，我还没有在硬质材料上测试这些STL文件，氢原子很可能无法适配，除非用柔性材料打印。每个HydrogenAHB适配一个OxygenAHB。
你还需要以下原始套件中的原子：Carbon6；CarbonDB3（碳色和氮色）；Hydrogen1；以及侧链所需的任何原子。在照片中，我全部使用了丙氨酸，所以每个侧链有一个Carbon6和三个Hydrogen1原子。根据你想要制作的残基数量成倍增加这些原子。
你可能还需要两个OxygenDB2用于C端，以及一个氮色的Carbon6和三个HydrogenS原子用于N端。（现实中的蛋白质是两性离子。）
大多数原子会按照氨基酸的常规方式连接。对于自然界中存在的L-氨基酸，如果氮原子在你的左边，羰基在你的右边，α氢原子将背对你，侧链将朝上。对于肽键，你希望在C和下一个残基的N之间有双键，因为肽键具有双键性质的刚性。HydrogenAHB会连接到氮原子上，并适配到前四个位置的氨基酸的OxygenAHB上。
如果你组装蛋白质链，保持所有氨基酸氢原子指向同一方向，所有羰基氧原子大致指向相反方向，它往往会自组装成α螺旋。
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